Solid-State Nanopore Real-Time Assay for Monitoring Cas9 Endonuclease Reactivity
Notice bibliographique
Résumé
The field of nanopore sensing is now moving beyond nucleic acid sequencing. An exciting avenue is the use of nanopore platforms for the monitoring of biochemical reactions. Biological nanopores have been used for this application, but solid-state nanopore approaches have lagged. This is due to the necessity of using higher salt conditions (e.g., 4 M LiCl) to improve the signal-to-noise ratio which completely abolish the activities of many biochemical reactions. We pioneered a polymer electrolyte solid-state nanopore approach that maintains a high signal-to-noise ratio even at a physiologically relevant salt concentration. Here, we report the monitoring of the restriction enzyme SwaI and CRISPR-Cas9 endonuclease activities under physiological salt conditions and in real time. We investigated the dsDNA cleavage activity of these enzymes in a range of digestion buffers and elucidated the off-target activity of CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein endonuclease in the presence of single base pair mismatches. This approach enables the application of solid-state nanopores for the dynamic monitoring of biochemical reactions under physiological salt conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».