The temperate forest phyllosphere and rhizosphere microbiome: a case study of sugar maple
Notice bibliographique
Résumé
, Marshall) and its microbial communities are important for tree fitness, growth, and establishment. Despite recent progress in our understanding of the rhizosphere and phyllosphere microbial communities of sugar maple, many outstanding knowledge gaps remain. This review delves into the relationships between sugar maple and its microbes, as climate change alters plant species distributions. It highlights the multifaceted roles of key microbes, such as arbuscular mycorrhizal (AM) fungi and pathogens, in affecting the distribution and establishment of sugar maple in novel habitats. Furthermore, this review examines how microbial communities in different compartments contribute to tree fitness. Finally, it explores how microbial dispersal and altered species interactions under changing environmental conditions can affect sugar maple's ability to migrate beyond its current range, emphasizing the different scenarios associated with such shifts. In the rhizosphere, AM fungi are known for their roles in nutrient acquisition and improving stress tolerance. Yet, key questions remain about how these fungi interact with other microbes, how soil chemistry and climate change alter these interactions, and how the presence of beneficial microbes influences sugar maple's establishment. Additionally, the role of dark septate endophytes (DSE) in sugar maple's fitness remains underexplored, emphasizing the need for more research on their diversity and functions. In the phyllosphere, microbial communities are subject to shifts due to rising global change, with potential impacts on sugar maple's fitness. These changes may influence the tree's resistance to pathogens, tolerance to environmental stress, and overall health. Yet, our understanding of these interactions relies mostly on short-read sequencing methods targeting marker genes (e.g., 16S, ITS, 18S), which often fail to identify microbes at the species level. Limitations in molecular techniques and poor microbial reference databases hinder our ability to fully characterize tree-associated microbial diversity and functions. Future research should thus prioritize advanced molecular tools such as shotgun, hybrid, or long-read sequencing. Controlled experiments are also needed to establish causal links between sugar maple fitness and microbial communities, and to study whether microbial communities change throughout the tree's lifespan.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».