Comparison of in vitro transcriptomic points of departure with fish acute and chronic toxicity values: a case study of rainbow trout cells exposed to pesticides
Notice bibliographique
Résumé
There is growing interest in transcriptomic points of departure (tPOD) values from in vitro experiments as an alternative to animal test method. The study objective was to calculate tPODs in rainbow trout gill cells (RTgill-W1 following Organisation for Economic Co-operaon and Development [OECD] 249) exposed to pesticides, and to evaluate how these values compare to fish acute and chronic toxicity data. Cells were exposed to one fungicide (chlorothalonil), 10 herbicides (atrazine, glyphosate, imazethapyr, metolachlor, diquat, s-metolachlor, aminomethylphosphonic acid, dicamba, dimethenamid-P, metribuzin), eight insecticides (chlorpyrifos, diazinon, permethrin, carbaryl, clothianidin, imidacloprid, thiamethoxam, chlorantraniliprole), and OECD 249 positive control 3,4-dichloroaniline. Pesticide concentrations in wells were modeled with IV-MBM EQP Ver. 2.1. Sequencing libraries were prepared with UPXome, and tPODs calculated with ExpressAnalyst. The method identified 14,449 unique genes, with 1,115 genes having >5 counts in the 576 samples sequenced. For all chemicals, tPODs were derived, and tPOD mode values ranged from 0.0004 to 125 µM with an average of 36 µM. There were significant correlations between tPOD mode values (x-value) and median effect concentrations from RTgill-W1 cells (y = 0.92x + 1.2, R2 = 0.9, p < 0.00001; n = 11), rainbow trout acute toxicity median lethal concentrations (y = 0.81x + 0.8, R2 = 0.63, p < 0.0001; n = 20), fish chronic sublethal effect concentrations (y = 0.53x - 0.2, R2 = 0.4, p = 0.009; n = 16), and fish chronic lethal effect concentrations (y = 0.64x - 0.023, R2 = 0.59, p = 0.0013; n = 14). Bland-Altman plot analyses of these comparisons also showed good agreement. Pathway-level benchmark doses were calculated when statistical requirements were met, and only possible for four pesticides. These findings support the notion that tPODs from short-term in vitro studies may be comparable to effect concentration data from in vivo studies of fish exposed for chronic durations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».