Macrolide resistance due to <i>erm</i> (55)
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Antimicrobial resistance (AMR) is a global threat. The identification and characterization of novel resistance genes is integral to AMR surveillance. The erm (55) gene was originally identified through whole genome sequencing of macrolide-resistant strains of Mycobacterium chelonae . The gene was annotated as a ribosomal methyltransferase, but its role as a determinant of macrolide resistance was not formally demonstrated. Three erm (55) alleles have now been documented. The plasmid-borne erm (55) P , the transposon-associated erm (55) T , and the chromosomal encoded erm (55) C exhibit ≈82% amino acid sequence identity. Here, we confirm that, when expressed from plasmids in a macrolide-susceptible strain of Escherichia coli , all three erm (55) variants confer resistance to azithromycin and clarithromycin. IMPORTANCE Macrolide antibiotics are often the only oral treatment option for infections with rapidly growing mycobacteria such as Mycobacterium abscessus and Mycobacterium chelonae . We previously identified three variants of a newly predicted macrolide resistance gene, erm (55), in M. chelonae , including the first case of a plasmid-mediated macrolide resistance in mycobacteria. The present study provides experimental evidence that the three erm (55) variants confer macrolide resistance and that each variant is unique in the degree to which it reduces susceptibility to clinically relevant macrolides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».