Oncoproteins E6/E7 of the human papillomavirus types 16 & 18 synergize in modulating oncogenes and tumor suppressor proteins in colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background This study presents a novel analysis of the oncogenes and tumor suppressor proteins directly modulated by E6/E7 of high-risk HPV types 16 and 18, in two mutational cell models of colorectal cancer (CRC).Methods Two distinct mutational cell models of colorectal cancer, HCT 116 (KRAS mutant) & HT-29 (TP53 mutant) were transfected with E6/E7 of HPV16 and HPV18, individually and in combination (co-transfection), via lipofection. Further, we utilized a liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS/MS) approach to analyze and compare the proteomes of KRAS mutant HCT 116 and TP53 mutant HT-29 cell models of CRC, expressing E6/E7 of HPVs type 16 and 18, both, individually and in combination.Results We generated six stably transfected cell lines, namely, HCT 116 HPV16+, HCT 116 HPV18+, HCT 116 HPV16+/18+, HT-29 HPV16+, HT-29 HPV18+, HT-29 HPV16+/18+. Our proteomics data revealed a significantly higher, HPV-induced, modulation of oncogenes and tumor suppressor proteins in the TP53 mutant model of CRC, as compared to the KRAS mutant cell model (p ≤ 0.01). Less than 1% of the genes were found to be commonly modulated by HPV, between the two models of CRC. In addition, we report that HT-29 cells, expressing E6/E7 of both HPVs 16 and 18, significantly reduced the downregulation of oncogenes as compared to cells expressing E6/E7 of either HPV16 or HPV18 individually (p-value is ≤ 0.00001).Conclusion Our data imply that coinfections with the two most frequently observed high-risk HPV types worldwide, leads to the sustenance of a pro-oncogenic environment in CRC; that is suggestive of the cooperative role of the viruses in inflicting cancer. Further, HPV modulates different sets of oncogenes/tumor suppressor proteins in CRC models of varying mutational backgrounds, thus highlighting the importance of personalized therapies for diseases with mutational heterogeneities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».