Genetic diversity of cultivated Nigella sativa L. germplasm based on EST-SSR markers and agro-morphological traits
Notice bibliographique
Résumé
Nigella sativa L. (Black cumin) has been extensively utilized in traditional medicine since ancient times. Researching genetic resources to identify the best germplasm for enhancing pharmaceutical properties is an important step in maximizing the potential of this beneficial plant. In this study, EST-SSR markers were designed and investigated alongside thymoquinone content and some important agro-morphological traits e.g., seed yield. After de novo transcriptome sequencing using the Illumina platform, data mining was performed to identify unigenes containing microsatellites using MISA software. Among 50 designed EST-SSR primers, 19 pairs reproduced polymorphic bands which were employed to estimate the genetic diversity of 32 accessions of black cumin provided from across the world. A total of 117 bands (75%) were polymorphic among 156 amplified bands. The PIC values varied from 0.47 (NS-587 and NS-183) to 0.69 (NS-242). The assessment of phytochemical variability and yield traits revealed a thymoquinone content of 0.1–1.38 %, a thousand-seed weight of 1.7–3.78 g, and a seed yield per plant of 0.28–1.74 g. Classification of accessions based on morphological traits resulted in three distinct clusters, while genetic analysis yielded four clusters. Notably, the high concordance between the morphological and genetic dendrograms indicated that the genetic loci targeted by EST-SSRs in this study can effectively represent key morphological traits. This study yielded valuable insights into the genetic diversity status of Nigella sativa , while also introduced some accessions for further breeding endeavors. • EST-SSR markers were identified by transcriptome sequences of Nigella sativa. • The genetic diversity of 32 Nigella sativa accessions was evaluated. • A high concordance between genetic and agro-morphological dendrograms was found. • The highest thymoquinone content (1.38%) was recorded in accession N45. • Accessions (N71 and RZ) with high seed yield were identified.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».