A roadmap for harlequin frog systematics, with a partial revision of Amazonian species related to Atelopus spumarius
Notice bibliographique
Résumé
Harlequin frogs, genus Atelopus, are a species-rich group of bufonid anurans from the Neotropics with more than 100 species. For nearly four decades now, this group has suffered from massive population declines. Almost all species are threatened with extinction, and many populations and several species are considered extinct or possibly extinct. This results in a limited sampling available for studies on harlequin frog systematics, especially in terms of molecular genetic information. However, efficient conservation of harlequin frogs requires an improved taxonomy. This is further complicated through the circumstance that many Atelopus species are relatively poor in external morphological characters combined with a high level of intra-specific character variation (e.g. coloration and body size). At the same time, cryptic diversity exists with well differentiated species (supported by osteology and molecular genetics) almost indistinguishable by external morphology. We compiled the largest dataset to date for mitochondrial (12S, 16S, cyt b) and nuclear (POMC, RAG1) markers and present a phylogeny (likelihood and Bayesian inference methods) including 152 samples from 104 populations scattered over the entire geographic range of the genus. Four allo- or parapatric main clades are distinguished: I. Sierra Nevada; II. Venezuelan-Andean; III. Andean-Chocó-Central American (with the ignescens and the varius-longirostris clades); and IV Amazonian (containing the tricolor and the flavescens-spumarius clades). The phylogenetic relationships within these clades remain to be resolved. Taxonomic implications included both splitting and lumping, but taxonomic action is here only taken for populations related to A. spumarius from western Amazonia. Besides redescriptions of A. spumarius sensu stricto and A. colomai, we describe two new species based on morphology, skull osteology and bioacoustics. Additional yet understudied populations from Amazonia may be allocated to these species or may represent additional undescribed taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».