Identification of a vimentin-expressing α-cell phenotype in CF and normal pancreas
Notice bibliographique
Résumé
Endocrine dysfunction and diabetes can develop secondary to fibrotic diseases within the pancreas, including cystic fibrosis (CF). A phenotypic shift within epithelial cells has been recognised in association with pro-fibrotic signalling. We sought evidence of endocrine cell epithelial-to-mesenchymal transition in CF and non-CF pancreas. Post-mortem pancreatic sections from 24 people with CF and 10 organ donors without CF or diabetes were stained for insulin/glucagon/vimentin and Sirius red/fast green with collagen distribution assessed semi-quantitatively (CF) and quantitatively (non-CF). Analysis of existing single-cell RNA-sequencing datasets (three adult donors without diabetes and nine with chronic pancreatitis) for α-cell vimentin expression was performed. Cells co-expressing glucagon/vimentin were detected in a proportion (32(4,61)% (median (Q1,Q3))) of islets in all CF pancreata except donors dying perinatally. CF histopathology was characterised by peri-islet fibrosis, and 60(45,80)% of islets were surrounded by collagen strands. A positive correlation between islet fibrosis and vimentin-expressing α-cells was seen in non-CF donors <31 years (r = 0.972; P = 0.006). A possible association with donor age was seen in all donors (r = 0.343; P = 0.047). Single-cell RNA-sequencing analysis of isolated islets from non-diabetic donors and donors with chronic pancreatitis confirmed the presence of vimentin-positive and vimentin-negative α-cells. Differentiated α-cell function-associated gene expression was maintained. Differentially upregulated processes in co-expressing cells included pathways associated with extracellular matrix organisation, cell-cell adhesion, migratory capability and self-renewal. We have identified and characterised an intermediate epithelial/mesenchymal state in a sub-population of α-cells present throughout post-natal life, which may play a role in their response to extrinsic stressors, including fibrosis and ageing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».