Diagnostic performance of allele-specific RT-qPCR and genomic sequencing in wastewater-based surveillance of SARS-CoV-2
Notice bibliographique
Résumé
Clinical genomic surveillance is regarded as the gold standard for monitoring SARS-CoV-2 variants globally. However, as the pandemic wanes, reduced testing poses a risk to effectively tracking the trajectory of these variants within populations. Wastewater-based genomic surveillance that estimates variant frequency based on its defining set of alleles derived from clinical genomic surveillance has been successfully implemented. This method has its challenges, and allele-specific (AS) RT-qPCR or RT-dPCR may instead be used as a complementary method for estimating variant prevalence. Demonstrating equivalent performance of these methods is a prerequisite for their continued application in current and future pandemics. Here, we compared single-allele frequency using AS-RT-qPCR, to single-allele or haplotype frequency estimations derived from amplicon-based sequencing to estimate variant prevalence in wastewater during emergent and prevalent periods of Delta, Omicron, and two sub-lineages of Omicron. We found that all three methods of frequency estimation were concordant and contained sufficient information to describe the trajectory of variant prevalence. We further confirmed the accuracy of these methods by quantifying the diagnostic performance through Youden's index. The Youden's index of AS-RT-qPCR was reduced during the low prevalence period of a particular variant while the same allele in sequencing was negatively influenced due to insufficient read depth. Youden's index of haplotype-based calls was negatively influenced when alleles were common between variants. Coupling AS-RT-qPCR with sequencing can overcome the shortcomings of either platform and provide a comprehensive picture to the stakeholders for public health responses. • SARS-CoV-2 variant frequency estimation in wastewater is comparable between AS-RT-qPCR and genomic sequencing. • Diagnostic performance confirms the accuracy of AS-RT-qPCR and genomic sequencing for variant estimation in wastewater. • Diagnostic performance of AS-RT-qPCR is reduced during periods of lower SARS-CoV-2 variant concentration in wastewater. • Diagnostic performance of wastewater sequencing is reduced due to insufficient sequencing depth of the targeted allele. • Monitoring of more than one allele is suggested to overcome limitations of both AS-RT-qPCR and sequencing. • Accuracy of variant frequency estimation by sequenced haplotype requires careful curation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».