<scp>DNA</scp> Metabarcoding Improves the Taxonomic Resolution of Visually Determined Diet Composition of Beaked Redfish (<i>Sebastes</i> sp.)
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Beaked redfishes ( Sebastes fasciatus and Sebastes mentella ) of the northwest Atlantic have recently reached record abundance levels in the estuary and northern Gulf of St. Lawrence, dominated by Sebastes mentella . Knowledge of their diet composition is essential to understand the trophic role that these groundfish play in the ecosystem. The objective of the present study was to compare the performance of visual examination and DNA metabarcoding of stomach contents of the same individual redfish caught in the estuary and northern Gulf of St. Lawrence. Using a universal metazoan mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) marker, we identified a total of 24 taxonomic groups, composed of 22 species and two genera in the content of 185 stomachs with DNA metabarcoding. We compared these results to the 25 prey types, eight identified at the genus and nine at the species level, obtained with visual stomach content analysis (SCA). While both techniques revealed a similar diet composition, our results showed that the SCA and DNA metabarcoding perform differently for particular prey categories, both in terms of detectability and taxonomic resolution, as well as in the estimated relative importance of weight and occurrence in the diet. The use of DNA metabarcoding along with SCA validates and improves the taxonomic resolution of visually determined prey, which supports the concept that both techniques provide useful complementary information on the diet of redfish and likely other fish species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».