P1319 Multi-omic modelling of antibiotic perturbed faecal microbial communities demonstrates reduced microbial resilience in IBD
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Excessive antibiotic use is a risk factor in IBD, due to the impact on the gastrointestinal microbiota, but the extent of impact on microbial metabolite production is unknown. Here we investigate the impact of ciprofloxacin (CIP) and metronidazole (MTZ) on gut microbiota structure/function in a healthy donor and a new-onset therapeutic naïve IBD patient. We also investigate the use of autologous faecal microbiota transplant (aFMT) as a microbial therapeutic to assist recovery of the gut ecosystem. Methods Donor faecal specimens (IBD or healthy) were used to inoculate twin chemostat vessels. Following community stabilisation, vessels were dosed daily with CIP or MTZ for 7 days. In the healthy donor vessel, 4 doses of aFMT were administered over 7 days (post antibiotics) followed by a 7-day recovery. In the IBD vessels no FMT was administered. Vessels were sampled daily to monitor microbial profiles (16S rRNA sequencing) and short chain fatty acid (SCFA) profiles (GC-MS). Results CIP in the healthy vessel caused a significant depletion of acetate, butyrate and propionate, remaining significantly depleted during aFMT. CIP dosing also resulted in an enrichment of Escherichia-Shigella and Enterobacter and a loss of Akkermansia, Faecalibacterium and Bacteroides. During recovery acetate and propionate recovered whilst butyrate remained depleted (p=0.004). In the healthy MTZ vessel, acetate increased during antibiotic dosing and was restored following aFMT. Butyrate decreased during MTZ dosing and remained significantly decreased (p<0.031). Propionate levels also reduced following MTZ but were found in highest abundance during aFMT and recovery phases (p<0.038). Parabacteroides increased during MTZ dosing which subsequently decreased to stable abundance. Akkermansia was significantly increased in recovery phase compared to aFMT and stability phases. In the IBD donor, CIP caused a significant reduction in 10 SCFAs and several taxa including Bacteroides and Dialister genera alongside an enrichment of Enterococcus, Lachnospiraceae, Anaerofilum and Eisenbergiella. MTZ treatment resulted in a less dramatic reduction in SCFAs. Microbial community changes included an enrichment of Escherichia-Shigella, Enterococcus and Parasutterella and a depletion of Alistipes and Dialister. Conclusion CIP and MTZ significantly depleted levels of beneficial genera and reduced the abundance of SCFAs. Neither donor community was able to fully restore composition or function. aFMT modulated the healthy donor microbial communities to a "new healthy". Further investigation into long-term antibiotic treatment and the use of microbial therapeutics is needed to fully understand this relationship in the context of IBD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».