Multicentre experience on the diagnostic yield of PCR testing for bacterial pathogens in sterile site infections
Notice bibliographique
Résumé
Background: Infections in sterile body sites are serious despite their low incidence. Accurate diagnosis is crucial for effective antimicrobial management. This study assessed the diagnostic yield of multiplex polymerase chain reaction (PCR) in identifying bacterial pathogens in sterile site specimens other than blood and cerebrospinal fluid. Methods: Bacterial pathogen PCR panels were independently developed and validated by the laboratories at the Hamilton Regional Laboratory Medicine Program (HRLMP) in Canada and Sidra Medicine in Qatar. Retrospective culture and PCR data for the periods of July 2022 to November 2023 and September 2021 to February 2023 were extracted from the laboratory information systems of HRLMP and Sidra Medicine, respectively. The diagnostic yield of PCR between different groups was compared using the McNemar test or chi-square test. Results: Validation studies showed 100% sensitivity for PCR assays in both laboratories, with varying specificity due to the detection of additional pathogens by PCR. Combining post-implementation data from both laboratories, 38.7% of 512 specimens were PCR-positive for target organisms, compared to 6.1% by culture. While the diagnostic yield of PCR was significantly higher than that of culture in both adult and paediatric populations ( p < .001), HRLMP data indicated a significantly higher diagnostic yield of PCR in the paediatric population compared to adults (64.7% versus 17.4%; p < .001). The most commonly PCR-detected pathogens were Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, and Staphylococcus aureus, with pleural fluid being the most frequently positive specimen type. Conclusion: This study supports using PCR alongside culture to enhance pathogen detection and improve the management of sterile site infections, particularly in paediatric patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,030 | 0,066 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».