Delmarva (DMV1639) infectious bronchitis virus infection alters the microbiome of gastrointestinal and respiratory tracts of broiler chickens
Notice bibliographique
Résumé
Infectious bronchitis virus (IBV) is known to cause significant alterations in tracheal microbial flora in broiler chickens 5 days post-infection (dpi) and our focus is to understand the changes in both respiratory and gastrointestinal microbiome in broilers over a period of time following IBV infection. A study was conducted to characterize the tracheal and cecal microbiome in IBV infected and control broiler chickens at 6, 9 and 15 dpi. IBV genome in trachea, lung and cecal tonsils could be observed in the infected group at all the time points. Immune response parameters and histopathological lesion scores were significantly higher in IBV infected trachea and cecal tonsils at 6, 9 and 15 dpi compared to the controls. We observed that cecal microbial diversity (alpha diversity) was increased in the IBV infected group at 6 and 15 dpi. On the other hand, diversity (alpha diversity) of tracheal microbiome was elevated only at 9 dpi in the IBV infected group. Moreover, significant shift of microbial communities (beta diversity), in both cecum and trachea was observed following IBV infection. Enzyme and metabolic pathway analyses of cecum indicated an upregulation of DNA replication and cell wall synthesis pathways and a downregulation of pathways related to short chain fatty acid (SCFA) production in the IBV infected group compared to the controls. Analysis of tracheal metabolic pathways suggested initial adaptation to the infection stress and gradually shifting to enhanced microbial growth and stability. The study outcome adds to the understanding of microbiome changes secondary to histological changes and immune response following IBV infection in broiler chickens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».