Vancomycin-resistant <i>Enterococcus</i> prevalence and its association along the food chain: a systematic review and meta-analysis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) are present across the One Health continuum and pose a considerable risk for transmission along the food chain. This systematic review and meta-analysis estimates the prevalence of VRE colonization in livestock, food of animal origin, and in human populations. METHODS: Embase, MEDLINE and CAB Abstracts were searched for eligible literature. A total of 54 manuscripts passed inclusion criteria by providing prevalence estimates of VRE in a human population and at least one of either livestock or food. Random effects meta-analysis was conducted to determine prevalence estimates, and risk of bias in pooled estimates was assessed using funnel plots and Egger regression. RESULTS: Global pooled prevalence of VRE colonization was highest in poultry and poultry meat at 16% (95% CI: 6%-28%) and 15% (95% CI: 1%-39%), respectively. Human-associated VRE colonization was highest in livestock workers, with a pooled prevalence of 11% (95% CI: 2%-25%), and lowest in the general public at 2% (95% CI: 0%-3%). Meta-regression demonstrated that human VRE prevalence increased at a rate of 0.75% (95% CI: 0.46%-1.04%; P < 0.001) per 1% increase in livestock VRE colonization. CONCLUSIONS: This meta-analysis established a clear link of VRE across One Health sectors. VRE colonization is likely elevated for those in contact with colonized animals or contaminated food products. Quality of evidence in pooled prevalence estimates was limited by publication bias and heterogeneity. The results of this study enhance calls for a One Health approach for mitigating the global burden of priority antimicrobial resistance pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,018 | 0,045 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».