Metabolic profiling of meningioma reveals novel subgroup-specific biologic insights and outcome dependencies
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Our group and others have recently identified four molecular groups of meningioma, with unique underlying biology and outcomes. The relevance of group-specific metabolite profiles (particularly among hypermetabolic tumors), has not been explored. METHODS: We performed untargeted metabolic profiling of meningiomas representing each molecular group and World Health Organization (WHO) grade. Prognostic biochemicals were identified using Cox regression and their biological importance was explored using RNA and protein-based pathway analyses. Validation was performed using targeted high performance liquid chromatography-mass spectrometry (HPLC-MS/MS). RESULTS: Global metabolic profiling identified 560 unique biochemicals. We identified a 21-metabolite outcome signature which is strongly predictive of outcome after adjusting for WHO grade, extent of resection, and receipt of adjuvant radiotherapy (HR = 326.49, 95% CI = 16.72-6375.48, P < .0001). The abundance of N6-trimethyllysine was associated with earlier time to recurrence on our whole cohort (log-rank P = .009) and within hypermetabolic and WHO grade 2 tumors specifically; this was validated using targeted HPLC-MS/MS on two cohorts. Consensus RNA and protein expression analysis demonstrated as association between N6-trimethyllysine abundance and activation of oxidative phosphorylation pathways, which portended worse outcomes in the hypermetabolic subgroup but, interestingly, better outcomes in the proliferative subgroup. By contrast, upregulated pyruvate and lactate transporters were associated with worse outcomes in proliferative meningiomas specifically. CONCLUSIONS: This is the first study to demonstrate a subgroup-specific prognostic role of N6-trimethyllysine in hypermetabolic meningiomas, offering increasingly granular outcome predictions using a widely accessible technique (HPLC-MS/MS). We also suggest fundamental differences in preferred energy utilization between and a potential need for subgroup-specific therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».