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Enregistrement W4406805491 · doi:10.1038/s41588-024-02052-7

Integrative proteogenomic analysis identifies COL6A3-derived endotrophin as a mediator of the effect of obesity on coronary artery disease

2025· article· en· W4406805491 sur OpenAlexafffund
Satoshi Yoshiji, Tianyuan Lu, Guillaume Butler‐Laporte, Julia Carrasco-Zanini, Chen‐Yang Su, Yiheng Chen, Kevin Y. H. Liang, Julian Willett, Shidong Wang, Darin Adra, Yann Ilboudo, Takayoshi Sasako, Satoshi Koyama, Tetsushi Nakao, Vincenzo Forgetta, Yossi Farjoun, Hugo Zeberg, Sirui Zhou, Michael Hultström, Mitchell J. Machiela, Rama Kaalia, Hesam Dashti, Melina Claussnitzer, Jason Flannick, Nicholas J. Wareham, Vincent Mooser, Nicholas J. Timpson, Claudia Langenberg, J. Brent Richards

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAtherosclerosis and Cardiovascular Diseases
Établissements canadiensMcGill University Health CentreMcGill UniversityMcGill Genome CentreUniversity of TorontoJewish General Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNIH Office of the DirectorNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilFonds de Recherche du Québec - SantéNational Institutes of HealthNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesGovernment of CanadaFondation de l'Hôpital général juifMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyNational Institute on Drug AbuseNovo NordiskPublic Health AgencyNational Cancer InstituteUniversity of BristolEuropean CommissionNational Institute for Health and Care ResearchTD BankKing's College LondonJewish General HospitalCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaCancer Research UKWellcome TrustPublic Health Agency of CanadaMcGill UniversityCanadian Institutes of Health ResearchCompute CanadaCommon FundJapan Society for the Promotion of ScienceNovo Nordisk Fonden
Mots-clésMendelian randomizationCoronary artery diseaseDiseaseBioinformaticsObesityType 2 diabetesBiologyInternal medicineDiabetes mellitusMedicineEndocrinologyCancer researchGeneGeneticsGenotypeGenetic variants

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Obesity strongly increases the risk of cardiometabolic diseases, yet the underlying mediators of this relationship are not fully understood. Given that obesity strongly influences circulating protein levels, we investigated proteins mediating the effects of obesity on coronary artery disease, stroke and type 2 diabetes. By integrating two-step proteome-wide Mendelian randomization, colocalization, epigenomics and single-cell RNA sequencing, we identified five mediators and prioritized collagen type VI α3 (COL6A3). COL6A3 levels were strongly increased by body mass index and increased coronary artery disease risk. Notably, the carboxyl terminus product of COL6A3, endotrophin, drove this effect. COL6A3 was highly expressed in disease-relevant cell types and tissues. Finally, we found that body fat reduction could reduce plasma levels of COL6A3-derived endotrophin, indicating a tractable way to modify endotrophin levels. In summary, we provide actionable insights into how circulating proteins mediate the effects of obesity on cardiometabolic diseases and prioritize endotrophin as a potential therapeutic target.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,231
Score d'incertitude au seuil0,458

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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