Large Language Model Applications for Health Information Extraction in Oncology: Scoping Review
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Background: Natural language processing systems for data extraction from unstructured clinical text require expert-driven input for labeled annotations and model training. The natural language processing competency of large language models (LLM) can enable automated data extraction of important patient characteristics from electronic health records, which is useful for accelerating cancer clinical research and informing oncology care. Objective: This scoping review aims to map the current landscape, including definitions, frameworks, and future directions of LLMs applied to data extraction from clinical text in oncology. Methods: We queried Ovid MEDLINE for primary, peer-reviewed research studies published since 2000 on June 2, 2024, using oncology- and LLM-related keywords. This scoping review included studies that evaluated the performance of an LLM applied to data extraction from clinical text in oncology contexts. Study attributes and main outcomes were extracted to outline key trends of research in LLM-based data extraction. Results: The literature search yielded 24 studies for inclusion. The majority of studies assessed original and fine-tuned variants of the BERT LLM (n=18, 75%) followed by the Chat-GPT conversational LLM (n=6, 25%). LLMs for data extraction were commonly applied in pan-cancer clinical settings (n=11, 46%), followed by breast (n=4, 17%), and lung (n=4, 17%) cancer contexts, and were evaluated using multi-institution datasets (n=18, 75%). Comparing the studies published in 2022-2024 versus 2019-2021, both the total number of studies (18 vs 6) and the proportion of studies using prompt engineering increased (5/18, 28% vs 0/6, 0%), while the proportion using fine-tuning decreased (8/18, 44.4% vs 6/6, 100%). Advantages of LLMs included positive data extraction performance and reduced manual workload. Conclusions: LLMs applied to data extraction in oncology can serve as useful automated tools to reduce the administrative burden of reviewing patient health records and increase time for patient-facing care. Recent advances in prompt-engineering and fine-tuning methods, and multimodal data extraction present promising directions for future research. Further studies are needed to evaluate the performance of LLM-enabled data extraction in clinical domains beyond the training dataset and to assess the scope and integration of LLMs into real-world clinical environments.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle