Multidimensional scaling improves distance-based clustering for microbiome data
Notice bibliographique
Résumé
MOTIVATION: Clustering patients into subgroups based on their microbial compositions can greatly enhance our understanding of the role of microbes in human health and disease etiology. Distance-based clustering methods, such as partitioning around medoids (PAM), are popular due to their computational efficiency and absence of distributional assumptions. However, the performance of these methods can be suboptimal when true cluster memberships are driven by differences in the abundance of only a few microbes, a situation known as the sparse signal scenario. RESULTS: We demonstrate that classical multidimensional scaling (MDS), a widely used dimensionality reduction technique, effectively denoises microbiome data and enhances the clustering performance of distance-based methods. We propose a two-step procedure that first applies MDS to project high-dimensional microbiome data into a low-dimensional space, followed by distance-based clustering using the low-dimensional data. Our extensive simulations demonstrate that our procedure offers superior performance compared to directly conducting distance-based clustering under the sparse signal scenario. The advantage of our procedure is further showcased in several real data applications. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The R package MDSMClust is available at https://github.com/wxy929/MDS-project.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».