Comprehensive Protocol for Total Protein Extraction, Precipitation, and Assay Measurement from Plankton Samples v2
Notice bibliographique
Résumé
This protocol outlines an optimized method for extracting total protein from plankton samples, encompassing both phytoplankton and zooplankton. The procedure involves the use of lysing matrix tubes with beads of varying sizes (0.1 mm, 1.4 mm, and 4 mm), eight homogenizing cycles, and a protein extraction buffer composed of 2% SDS, 10% glycerol, 5 mM EDTA in 100 mM Tris (pH 7). The extracted crude protein is quantified using the Pierce Micro BCA assay equivalent to bovine serum albumin (BSA), with a linear detection range of 12.5 to 1000 ug/sample. To remove interference from chlorophyll, monosaccharides and other substances, the extracted protein undergoes precipitation using a chloroform and methanol solvent mixture, followed by re-dissolution in re-solubilization buffer composed of 1% sarcosine in 50 mM Tris (pH 7). BCA assay is then used to quantify the precipitated protein, with BSA as the standard. The absence of glycerol and the use of sarcosine instead of SDS enable a linear detection range of 5 to 2000 µg/sample. https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0011430_Pierce_BCA_Protein_Asy_UG.pdf
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,044 | 0,064 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».