Deep sequencing of serially passaged Sudan virus in guinea pigs uncovers adaptive mutations
Notice bibliographique
Résumé
. Sudan virus (SUDV) is a highly pathogenic orthoebolavirus that causes severe disease in humans. In the last 45 years, SUDV has been responsible for several outbreaks in eastern Africa, particularly in Sudan and Uganda, with an average case fatality rate of approximately 50 %. Despite having caused numerous outbreaks, including a recent outbreak in 2022, no licensed therapeutics or prophylactics currently exist for Sudan virus disease. Small animal models like mice, hamsters, and guinea pigs have paved the way for the initial evaluation of filovirus countermeasures; however, since filoviruses are apathogenic in immunocompetent rodents, they must first be adapted through serial passaging. As a result of this process, viruses acquire genomic changes that may contribute to increased virulence and lethality. Currently, only a single immunocompetent small animal model exists for SUDV, where the virus was serially passaged in guinea pigs until uniform lethality was observed. To better understand the serial passaging process, we used next-generation sequencing to identify and quantify the mutations that arose throughout the adaptation process in guinea pigs. We identified 7 nonsynonymous and 9 synonymous mutations that were present at frequencies near 100 % at the end of serial passaging. The glycoprotein and virion protein (VP) 40 harboured many of the substitutions, most of which were nonsynonymous, while VP35 and VP24 each maintained a single nonsynonymous mutation. These results are consistent with the previously determined genome sequence, obtained by Sanger sequencing, with two notable exceptions: we identified a novel mutation in VP40, but we were unable to confirm the mutation in the genome leader, due to poor sequence coverage. This analysis has allowed us to identify adaptive hotspots within the viral genome, which may hint at the molecular determinants contributing to pathogenicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».