Establishment of a National Surgical Tissue Biobank for Pediatric Crohn's Disease: An Implementation Feasibility Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Crohn's disease (CD) is a lifelong gastrointestinal inflammatory condition that often requires surgery, particularly for patients diagnosed in childhood. CD has been linked to a combination of microbial, genetic, and environmental factors, but pathogenesis remains unknown. We outline a framework for multicenter surgical biobanking across a large geographic area, required to enable meaningful research, and evaluate feasibility using the 2016 Consolidated Standards of Reporting Trials (CONSORT) extension to randomized pilot and feasibility trials. We also share proof-of-concept RNA sequencing and immunohistochemistry results demonstrating adequacy to generate high-quality translational results. METHODS: CD patients (5-17.2 years) scheduled for intestinal resection were included. Intra-abdominal sepsis was excluded. Surgeons from 10 Canadian children's hospitals underwent virtual training on tissue collection. Bowel, mesenteric fat, and lymph nodes were collected intraoperatively, fixed in formalin and RNAlater, and shipped overnight to a single lab. Feasibility was determined by protocol adherence, study recruitment efficacy, and tissue viability. RESULTS: Tissue has been collected from 18 patients at seven sites since the study launched in 2023. The biobank is on track to bank 30-50 % of the total estimated eligible yearly case volume. Adherence to shipping protocols was impacted by the day of the week of the operation and by shipping office closures. Proof-of-concept immunohistochemistry demonstrated high-quality multiplex images. RNA sequencing identified 560 genes discriminating between inflamed and non-inflamed bowel. CONCLUSIONS: Establishing a national biobank for surgically resected pediatric CD is feasible for translational investigations of CD pathogenesis. Preliminary experiments demonstrate functional protocols sufficient to collect research-quality tissue. LEVEL OF EVIDENCE: Prognosis Study - Level IV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,133 | 0,059 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».