Regional brain iron correlates with transcriptional and cellular signatures in Alzheimer's disease
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: The link between overload brain iron and transcriptional/cellular signatures in Alzheimer's disease (AD) remains inconclusive. METHODS: Iron deposition in 41 cortical and subcortical regions of 30 AD patients and 26 healthy controls (HCs) was measured using quantitative susceptibility mapping (QSM). The expression of 15,633 genes was estimated in the same regions using transcriptomic data from the Allen Human Brain Atlas (AHBA). Partial least square (PLS) regression was used to identify the association between the healthy brain gene transcription and aberrant regional QSM signal in AD. The biological processes and cell types associated with the linked genes were evaluated. RESULTS: Gene ontological analyses showed that the first PLS component (PLS1) genes were enriched for biological processes relating to the "protein phosphorylation" and "metal ion transport". Additionally, these genes were expressed in microglia (MG) and glutamatergic neurons (GLUs). DISCUSSION: Our findings provide mechanistic insights from transcriptional and cellular signatures into regional iron accumulation measured by QSM in AD. HIGHLIGHTS: Spatial patterns of iron deposition changes in AD correlate with cortical spatial expression genes in healthy subjects. The identified gene transcription profile underlies aberrant iron accumulation in AD was enriched for biological processes relating to "protein phosphorylation" and "metal ion transport". The related genes were predominantly expressed in MG and GLUs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».