Comparative analysis of <i>Aegilops speltoides</i> and wheat repetitive elements and development of S genome-specific FISH painting
Notice bibliographique
Résumé
Aegilops speltoides (2 n = 2 x = 14, genome SS) is a wild relative of wheat and a donor of useful traits for wheat improvement. Several whole-genome studies compared genic regions of Aegilops from the Sitopsis section and wheat and found that Ae. speltoides is most closely related to the wheat B subgenome but is not its direct progenitor. The results showed that a B subgenome ancestor diverged from Ae. speltoides more than 4 MYA and either has not yet been discovered, or is extinct. To further explore the evolutionary relationship between wheat and Ae. speltoides and develop Ae. speltoides chromosome paints, we performed comparative analysis of repetitive fractions of the S genome and three subgenomes of hexaploid wheat. The low-coverage sequence data were analyzed with RepeatExplorer pipeline to annotate repeats and estimate their content. The LTR-retrotransposons comprised about 80% of repeats in Ae. speltoides and wheat datasets and about two-third of them were LTR/Ty3-Gypsy. Ae. speltoides had 1.5 times more LTR/Ty-Copia repeats and 1.5 times less DNA transposons than wheat subgenomes. Several S genome-specific dispersed repeats were found and annotated. Their sequences were used to develop S genome-specific paints for detecting Ae. speltoides chromatin in the wheat background using fluorescent in situ hybridization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».