100. Genomic epidemiology of carbapenemase-producing <i>Enterobacter</i> species in Toronto, Canada, 2007-2021
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Identification of transmission networks of carbapenemase-producing organisms (CPO) is critical to identifying their reservoirs and limiting their spread. This study aimed to use whole-genome sequencing to identify genomic relationships between CP Enterobacter (CP-Ent) in Ontario, Canada over a 15-year period. Methods All CP-Ent cases identified by prospective population-based surveillance in the Toronto/Peel Region from first isolate in 2007 to 2021, from hospital sinks (2016-2019), and wastewater treatment plants and surface water sites (2015-2017) were included. CPO isolates were identified by phenotypic screening (ertapenem MIC > 1mg/L or meropenem disc diffusion diameter ≤ 25mm), confirmed as Enterobacter by MALDI-TOF MS and as positive for carbapenemase genes by PCR, and sequenced by Illumina. Genomics analysis utilized a custom pipeline combining Snippy, IQ-Tree, and ClonalFrameML. Results Overall, 182 isolates from 127 patients, 61 isolates from 40 sinks, and 155 isolates from 9 wastewater plants/surface water sites were available (Table 1). Thirty-one of 127 (24%) patients had > 1 sequenced isolate: in 29 patients all isolates were highly related (median SNV distance 3.5, range 0-13); one patient had two CP-Ent species ∼1.5 years apart, and one had 2 sequence types (STs) 86 days apart. Of 12 (30%) sinks with > 1 isolate, 5 had 2 STs recovered at different times (4 with different carbapenemases). Multiple species, STs, and carbapenemases were recovered from sewage trunks and surface water. Using a ≤ 20 SNV threshold between any one pair of isolates, 14 multi-patient putative clusters involving 39 patients were identified; 1 added cluster was identified and 4 expanded when the threshold was increased to 40 SNVs (Table 2). At the 40 SNV threshold, the median number of patients per cluster was 2 (range 2-9), and the median number of hospitals with at least one first identified patient in each cluster was 1.5 (range 1-4). In total, 35% (45/127) patients were part of a cluster. Conclusion CP-Ent in Ontario are diverse, but a significant minority of affected patients are part of genomically-defined clusters. Genomic clusters may reflect undetected transmission of CP-Ent in healthcare, exposure to water, or other as yet unidentified sources. Disclosures Allison McGeer, MD, AstraZeneca: Honoraria|GSK: Honoraria|Merck: Honoraria|Moderna: Honoraria|Novavax: Honoraria|Pfizer: Grant/Research Support|Pfizer: Honoraria|Roche: Honoraria|Seqirus: Grant/Research Support|Seqirus: Honoraria
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».