P-117. Wastewater-Based Surveillance (WBS) of Shiga Toxin-Producing <i>Escherichia coli</i> (STEC) in Alberta, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Shigatoxin-producing E. coli (STEC) are responsible for significant human morbidity, with the potential to cause severe food-borne illness and outbreaks. STEC incidence varies between communities and peaks in summer months (PMID 31652648). Leveraging a SARS-CoV-2 WBS program, we sought to explore genomic targets for STEC WBS.Figure 1.Prevalence of STEC differs across Alberta’s municipal sewer sheds Methods Composite-24h wastewater (WW) was collected from geographically disparate, and socioeconomically diverse Alberta communities (n=5) at the level of municipal WW treatment plants. From 04/2022-03/2024, monthly WW underwent pelleting and DNA extraction by Qiagen DNeasy PowerSoil Pro kit. WW extracts were assessed for four potential genomic STEC targets: Shiga Toxin 1 (stx1), Shiga Toxin 2 (stx2), Intimin (eae) and LPS O antigen gene specific for O157 (rfbEO157), by multiplex PCR. Each target was normalized by 16S rRNA-for total bacterial burden. WW STEC targets were assessed for correlation using Spearman’s and compared between communities and seasonality (July-Sept vs Jan-Mar) by Mann-Whitney U-test.Figure 2.STEC WBS demonstrates seasonal prevalence trends Results Of 111 WW samples assessed, 108 (97%) were positive for all targets, and individual targets were identified in 110 (99%) stx1; 110 (99%;) stx2; 111 (100%) eae, and 110 (99%) rfbEO157. Gene abundance for each STEC target exhibited strong correlations across sites (stx1 vs stx2, r=0.802, p< 0.0001; stx2 vs rfbEO157, r=0.634, p< 0.0001; eae vs rfbEO157, r =0.551, p< 0.0001; stx2 vs. eae r=0.542, p< 0.0001). WW measured STEC gene targets exhibited significant differences between municipalities (Figure 1) with strong seasonal trends (Figure 2). Conclusion WBS for STEC yielded patterns consistent with established patterns of disease (PMID 31652648). All four STEC genomic targets demonstrated significant correlation across sewersheds. STEC WBS may represent a novel tool to understand and monitor population-level activity and prevent disease. Disclosures All Authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».