P-653. Epidemiology of <i>Streptococcus pneumoniae</i> serotypes using serotype specific urinary antigen (SSUAD) in cancer patients
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Cancer patients have a 2.4-fold higher risk of dying from pneumonia compared to the general population. Streptococcus pneumoniae is one of the most common etiologies of community-acquired pneumonia. Serotype specific information of nonbacteremic pneumococcal pneumonia in oncology settings is limited. Thus, we described the frequency of S. pneumoniae serotypes detected by a serotype-specific urinary antigen (SSUAD) assay in cancer patients.Table 1.Clinical characteristics of adult oncology patients tested with SSUAD Methods This was an interim analysis of a prospective observational study from 1/1/2023 - 1/31/2024. Cancer patients aged ≥18 years at MSKCC, inpatient or outpatient, with a Streptococcus urine antigen test (SUA) ordered at clinician’s discretion for diagnostic work-up of pneumonia were included. SUA was performed in-house using the BinaxNOW™, a lateral flow immunochromatographic test that detects C-polysaccharide cell wall protein common to all S. pneumoniae serotypes. Batched urine samples were tested using SSUAD, which detects the 15 pneumococcal serotypes (1, 3, 4, 5, 6A, 6B, 7F, 9V, 14, 18C, 19A, 19F, 22F, 23F, 33F) covered by 15-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV15) at Q2 laboratories (Quebec, Canada).Table 2.Patients with S. pneumoniae infections, positive SUA, and positive SSUAD by pneumococcal vaccine status Results Of 1324 patients, 780 (58.9%) were ≥65 years old and 486 (36.7%) had hematologic malignancies (Table 1). Thirteen patients had positive SUA (1 positive SSUAD and 12 negative SSUAD). Thirty patients had a positive SSUAD and only 1 of these patients also had a positive SUA (Figure 1). In 9 patients who had S. pneumoniae recovered from a culture (sputum [N=2] or blood [N=7]), SUA was only positive in 2 of the blood culture positive patients and none by SSUAD. Among the 30 patients with positive SSUAD, pneumococcus serotype 7F was most common with 26.3%, followed by 3 (17.5%), 5 (7.0%), 18C (7.0%), and 33F (7.0%); 12 (40%) had ≥2 serotypes detected (Figure 2). Pneumococcal vaccination status of the 49 patients with corresponding SUA and SSUAD results are summarized in Table 2. Conclusion Among cancer patients with positive SSUAD detecting PCV15 serotypes, 7F (26.3%), 3 (17.5%), 5 (7.0%), 18C (7.0%), and 33F (7.0%) predominated. More studies are needed to further understand the sero-epidemiology of circulating pneumococcal serotypes in this patient population. Disclosures Melvili Cintron, PhD, D(ABMM), Copan Diagnostics: Grant/Research Support|Merck & Co: Grant/Research Support|Roche Diagnostics: Advisor/Consultant Susan K. Seo, MD, Merck: Grant/Research Support Genovefa Papanicolaou, MD, AlloVir: Advisor/Consultant|AlloVir: Data safety monitoring committee|Merck: Advisor/Consultant|Merck: Grant/Research Support|Merck: Investigator|Symbio: Advisor/Consultant Yeon Joo Lee, MD, MPH, AiCuris: institutional research support for clinical trials|Karius: institutional research support for clinical trials|Merck: Grant/Research Support|Scynexis: institutional research support for clinical trials
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».