Abstract TP343: Co-Expression Modules In The Periphreal Blood Transcriptome Following Subarachnoid Hemorrhage Associate With 90-Day Outcome
Notice bibliographique
Résumé
Background: Subarachnoid Hemorrhage (SAH) accounts for 2-7% of strokes and has high mortality and morbidity. We sought to identify peripheral blood transcriptome changes in the acute SAH phase that associated with 90-day outcome, as measured by the modified Rankin Scale (mRS), to gain insights about potential mechanisms contributing to long term outcome. Methods: We sequenced the peripheral blood transcriptome of SAH patients within 3 days post ictus and stratified the patients into patients with Good (mRS≤2, n=37) and Poor (mRS≥3, n=23) outcomes at 90-day follow up. We generated the co-expression networks using the Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA) package to determine modules (groups of co-expressed genes) associated with 90-day SAH outcome. The outcome-significant modules (p<0.05) were further analyzed for their biological relevance using pathway analysis. Results: We identified two outcome-significant modules, the Pink module and the Purple module. The Pink module was enriched (corrected p<0.05) in Monocyte- and Granulocyte-specific genes, while the Purple module and its hubs were enriched in Monocyte-specific genes. The hub genes are the most interconnected genes in each module, which are therefore potential master regulators. The Pink module was enriched (corrected p<0.05) in Neutrophil Degranulation, an inflammatory pathway which was predicted to be activated in patients with worse outcome, in Histone Modification Signaling, which is involved in epigenetic control of gene expression, and in SUMOylation of transcriptional cofactors, which confers post-transcriptional modifications of these cofactors. The Purple module was enriched in 45 canonical biological pathways, including numerous inflammatory pathways predicted to be activated in SAH patients with worse outcomes, such as Neutrophil Degranulation, Phagosome Formation, IL-8 Signaling, and Macrophage Classical Activation Signaling. Conclusions: Early peripheral blood changes in the transcriptome architecture following SAH are associated with long-term outcome. The identified genes and networks may guide the search for potential biomarkers of outcome and novel treatment targets.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».