Optimization of a milk pregnancy-associated glycoprotein enzyme-linked immunosorbent assay test for pregnancy in Holstein cows using time-dependent cut-points between 23 and 90 days after insemination
Notice bibliographique
Résumé
Our hypothesis was that the accuracy of a commercial milk pregnancy-associated glycoprotein (PAG) ELISA test using the same thresholds at all stages of gestation would be improved by adjusting the cut-points according to the number of days since last breeding (DSLB) between 23 and 90 d after insemination in Holstein dairy cows. Our objectives were to develop a DSLB-specific set of thresholds that would provide better test performance under field conditions and provide more information for the inconclusive test results, by dichotomizing these into "probably open" and "probably pregnant" categories. Milk samples (n = 182,738) submitted to the Lactanet (Canadian Dairy Herd Improvement) laboratory from 2013 to 2021 for pregnancy testing using a commercial PAG ELISA test were compared with records on insemination outcomes. The data were separated randomly into a training dataset used to develop the DSLB-specific interpretation grid and a validation dataset to quantify its test characteristics and compare the performance of the DSLB-specific and fixed thresholds. Our aim was to achieve negative predictive value >0.99 at all stages of test use and positive predictive value (PPV) ≥0.95 at ≤59 d and ≥0.99 between 60 and 90 d after insemination. Neither approach met these targets between 23 and 25 DSLB. The DSLB-specific interpretation grid had greater PPV than the fixed threshold between 26 and 49 DSLB and met the targets. Both approaches were very near the targets of performance between 50 and 90 DSLB. The DSLB-specific interpretation grid has a similar prevalence of inconclusive test results compared with the fixed threshold but provided additional information on the likelihood of the cow being pregnant or open. Classification of milk PAG results using DSLB-specific cut-points improved the predictive value of pregnancy diagnosis between 23 and 49 d after insemination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».