Detection of atypical bacteria, including <i>Mycoplasma pneumoniae</i>, British Columbia, Canada, 2013–2023
Notice bibliographique
Résumé
Background: Global reports suggest heightened Mycoplasma pneumoniae (Mp) activity during the fall of 2023. However, it is unclear how testing strategy changes and preventative measures implemented during the COVID-19 pandemic influenced these conclusions. The objective of this study was to summarize the effects of implementing a new respiratory testing method (Luminex NxTAG Respiratory Pathogen Panel [RPP]) on the rate of detection of three types of atypical bacteria (AB) (Mp, Legionella pneumophila [Lp], and Chlamydophila pneumoniae [Cp]) in British Columbia (BC), as well as to summarize case detections throughout the province during and after the COVID-19 pandemic to determine if there were emerging concerns regarding Mp infections in BC as seen in other jurisdictions. Methods: We analyzed 2013–2023 laboratory testing data from the provincial lab in BC, divided into periods before syndromic testing, after syndromic testing was implemented (via xTAG RPP), during the COVID-19 pandemic, and after the pandemic. Results: Following introduction of the Luminex NxTAG RPP, detection of Mp and Cp cases increased 11-fold and 4-fold, respectively, while Lp detection was not significantly affected. Relatively few cases of Mp were recorded during the COVID-19 pandemic, although following relaxation of COVID-19 pandemic mitigation measures, Mp resurgent activity was observed that remained within expected levels. Conclusions: Detection of AB in BC increased following implementation of the Luminex NxTAG RPP, decreased during the COVID-19 pandemic, and returned to seasonal circulation after the pandemic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».