Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR) Assay for Rapid Monitoring of the Harmful Algal Bloom Species Cochlodinium polykrikoides
Notice bibliographique
Résumé
Harmful blooms of the dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides (Margalefidinium polykrikoides) had detrimental aquacultural and economic effects globally, and to reduce the damage caused by these blooms, early biomonitoring and quantitative analysis of C. polykrikoides are of the utmost importance. Here, for the detection of C. polykrikoides using quantitative real-time polymerase chain reactions, we developed specific primers targeting the large subunit ribosomal DNA (LSU rDNA) and evaluated their applicability in the field during the occurrence of a C. polykrikoides bloom. The specific primers not only accurately detected C. polykirkoides but also had a detection performance comparable with that obtained using microscopic observations. Accordingly, we developed a system that can be used in the field and applied when red tides occur, with accurate results being obtained more than five times more rapidly than those obtained based on microscopic analysis. Collectively, our findings indicate that the C. polykrikoides bloom detection system developed in this study can be applied to rapidly detect and accurately quantify C. polykrikoides in environmental samples. Data obtained using this system could be used as a basis for developing prompt monitoring and warning systems for the early detection of C. polykrikoides blooms in the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».