Decoding mpox: a systematic review and meta-analysis of the transmission and severity parameters of the 2022–2023 global outbreak
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: The 2022-2023 mpox outbreak has been the largest in history. We aim to synthesise the key epidemiological parameters related to the dynamics, transmission, and severity of mpox (incubation period, serial interval, generation time, infectious period, basic (R0) and effective (R(t)) reproductive number, and case fatality rate (CFR)). METHODS: Systematic review of observational studies in MEDLINE, EMBASE and other sources up to September 2023 (PROSPERO: CRD42023404503). Quality assessment using the Joanna Briggs Institute Critical Appraisal for case series, cross-sectional and cohort studies, and a designed quality assessment questionnaire for mathematical models. Meta-analysis was performed using a random effects model. RESULTS: For transmissibility parameters, we estimated a pooled incubation period of 7.60 (95% CI 7.14 to 8.10) days and a pooled serial interval of 8.30 (95% CI 6.74 to 10.23) days. One study reported a generation time of 12.5 days (95% CI 7.5 to 17.3). Three studies reported presymptomatic transmission in 27-50% of paired cases investigated. R(t) varied between 1.16 and 3.74 and R0 varied between 0.006 and 7.84. The epidemic peaked between August and September 2022 in Europe and the Americas whereas transmission has continued in African countries. For severity parameters, we estimated a pooled CFR by continent: 0.19% (95% CI 0.09% to 0.37%) for the Americas and 0.33% (95% CI 0.15% to 0.7%) for Europe. For Africa, we found that the CFRs of countries associated with group I were higher (range 17-64%) than those associated with group IIb (range 0-6%). CONCLUSION: Pooled mpox serial interval was slightly larger than pooled incubation period, suggesting transmission occurs mostly postsymptom onset, although presymptomatic transmission can occur in an important proportion of cases. CFR estimates varied by geographical region and were higher in Africa, in countries linked with clade I. Our results contribute to a better understanding of mpox dynamics, and the development of mathematical models to assess the impact of current and future interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,023 | 0,046 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,016 | 0,029 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».