Markers of Type 2 Inflammation and Immunosenescence Are Upregulated in Localized Scleroderma
Notice bibliographique
Résumé
Localized scleroderma (LS) is an autoimmune, fibrotic skin disease that is thought to be triggered by environmental factors. Recent evidence from systemic autoimmune diseases proposed that the induction of immunosenescence may link environmental triggers with autoimmunity development. We aimed to explore the inflammatory signature in juvenile LS and investigate the presence of DNA instability and immunosenescence using publicly available transcriptomic data. High-throughput RNA sequencing data from 28 juvenile LS and 10 healthy controls were analyzed. Unsupervised clustering, pathway analyses, cell-type enrichment, fusion analyses, and immunosenescence gene set enrichment were performed. IFN and Type 1/2/3 pathways were upregulated in clinically active and histologically inflammatory LS. Type 2 inflammatory signature in both inflammatory and fibrotic LS was demonstrated by enriched genes, pathways, and deconvolution analyses (eosinophils). Features of genotoxic stress signals manifesting as DNA instability genes, pathways, and fusion events as well as mitochondrial dysfunction were demonstrated for the first time in LS. Features of immunosenescence (e.g., the upregulation of pathways involved in T cell exhaustion, inhibitory receptors, and cellular senescence and the enrichment of senescent genes) were also confirmed in (active and inflammatory) LS. Immunosenescence and inflammaging may underlie the complex and heterogeneous nature of immune responses seen in LS and should be further studied.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».