Bait trapping of waterfowl increases the environmental contamination of avian influenza virus (AIV)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) H5Nx clade 2.3.4.4b has circulated in North America since late 2021, resulting in higher rates of morbidity and mortality in wild birds than observed in this region before. The objective of this study was to determine whether baiting, which is widely conducted in Canada and the United States as part of waterfowl management practices (e.g., duck banding), influences the occurrence of avian influenza virus (AIV) in wetlands. We used a quasi‐experimental design, collecting superficial sediment samples (n = 336) and fecal samples (n = 242) from paired baited (treatment) and non‐baited (control) sites at 2 wetlands in Saskatchewan, Canada, between August and September 2022. We visited sampling sites 3 times during the sampling period: prior to the commencement of baiting activities (t0), approximately 14 days after t0 (t1), and 24 days after t0 (t2). We screened samples for AIV using real‐time reverse‐transcriptase polymerase chain reaction (rRT‐PCR) targeting the matrix gene and subjected the PCR‐positive samples to next‐generation sequencing. We used a mixed‐effects logistic regression model to estimate the effect of baiting on the odds of AIV positivity in sediment samples, while controlling for clustering by wetland. At control sites, we did not detect evidence for a difference in the odds of AIV detection in sediment at t1 or t2 versus t0; however, at baited sites, the odds of AIV detection at t1 were 5.43 (95% CI = 1.99, 14.79) times the odds at t0 and at t2 the odds of AIV detection were 8.73 (95% CI = 3.29, 23.18) times the odds at t0. We detected HPAIV clade 2.3.4.4b H5N1 in sediment at 1 treatment site following baiting. There was also a trend towards increased fecal AIV positivity and increased fecal and sediment AIV diversity in baited versus non‐baited sites; however, there was insufficient power to determine if these findings were statistically significant. Overall, our results indicate that baiting is associated with localized increases in AIV environmental contamination, with baiting potentially creating concentrated areas of AIV accumulation. As such, wetland baiting activities may pose a risk to wildlife population health through the propagation of AIV in wetlands and the waterfowl using those environments and efforts to replace, refine, or reduce this activity may be warranted depending on local ecosystem contexts and cost‐benefit analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».