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Enregistrement W4407153554 · doi:10.1038/s41598-025-86920-0

Impact of host physiology and external stressors on the bacterial community of Schmidtea mediterranea

2025· article· en· W4407153554 sur OpenAlexaff
Karolien Bijnens, Sofie Thijs, Rossella Alfano, Breanne M. McAmmond, Jonathan D. Van Hamme, Tom Artois, Michelle Plusquin, Jaco Vangronsveld, Karen Smeets

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlanarian Biology and Electrostimulation
Établissements canadiensThompson Rivers University
Organismes subventionnairesUniversiteit HasseltFonds Wetenschappelijk OnderzoekEuropean Marine Biological Resource Centre BelgiumVlaamse regeringVlaams Supercomputer Centrum
Mots-clésBiologyMicrobiomeAbundance (ecology)EcologyInvertebrateRelative species abundanceRegeneration (biology)PlanarianBetaproteobacteriaDiversity (politics)Host (biology)StressorZoologyBacteriaBioinformaticsActinobacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

To fully comprehend host-microorganism interactions, it is crucial to understand the composition and diversity of the microbiome, as well as the factors that shape these characteristics. We investigated microbiome variation using the freshwater planarian Schmidtea mediterranea, an invertebrate model in regeneration biology and (eco-)toxicology, by exposing the organisms to various controlled conditions. The microbiome composition exhibited high variability, with most of the bacteria belonging to the Betaproteobacteria. Among the diverse microbial communities, a few genera, such as Curvibacter, were consistently present, but exhibited significant alterations in response to changing conditions. The relative abundance of Curvibacter fluctuated during the regeneration process, initially increasing before returning to a composition similar to the beginning situation. After applying external stress, the relative abundance of Curvibacter and other genera decreased. Variation over time, between different origin laboratories and between individuals, showed that additional, yet to-be-identified, factors of variation are present. Taking all results together, our study provides a solid basis for future research focusing on bacterial functionality in planarians and other invertebrates.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,304
Score d'incertitude au seuil0,185

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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