Assessment of potential candidate genes for partial resistance to Sclerotinia stem rot caused by <i>Sclerotinia sclerotiorum</i> using real‐time quantitative PCR
Notice bibliographique
Résumé
Sclerotinia stem rot (SSR), caused by Sclerotinia sclerotiorum (Lib) de Bary (S. sclerotiorum), is one of the most important diseases that causes significant soybean [Glycine max (L.) Merr.] seed yield and quality losses in Canada and globally. Initiation of plant defense mechanisms is crucial for establishing partial resistance to the pathogenic fungus. To understand plant response to S. sclerotiorum, we conducted a temporal (1, 3, and 5 days post-inoculation [DPI]) assessment of gene expression changes in the stem of soybean genotypes with contrasting phenotypic response. We focused on four genes that have been previously reported as associated with SSR partial resistance and are known to be involved in defense-related functions such as cell wall modification, signaling, response to wounding, and response to fungus. The results showed a higher and earlier expression of the genes in partially resistant cultivars compared to the susceptible. Expression of some genes increased up to 11- (Glyma.02G059700) to 16-fold (Glyma.09G232100) by 3 DPI in the partially resistant cultivar, OAC Drayton, while the genes were generally downregulated in the susceptible cultivar, OAC Shire, at the same DPI. This study improves our understanding of expression patterns of genes involved in plant defense against fungal pathogens in soybean. More importantly, the knowledge of genes that are essential in defense against S. sclerotiorum can be used to fine-map the quantitative trait loci for SSR resistance and facilitate accelerated breeding of SSR-resistant cultivars through gene-based marker-assisted selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».