Early COVID-19 and protection from Omicron in a highly vaccinated population in Ontario, Canada: a matched prospective cohort study
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Predictions regarding the on-going burden of SARS-CoV-2, and vaccine recommendations, require an understanding of infection-associated immune protection. We assessed whether early COVID-19 provided protection against Omicron infection. METHODS: We enrolled a cohort of adults in Ontario, Canada, with COVID-19 prior to October 2020 (early infection, EI), and a matched cohort with COVID-19 testing and a negative PCR (non-EI). Participants completed baseline surveys then surveys every two weeks until January 2023. Multivariable Cox regression was used to assess factors associated with COVID-19 infection during the first 14 months of Omicron. RESULTS: Overall, 624 EI (70%) and 175 (77%) non-EI participants met criteria for analysis; 590 (95%) EI and 164 (94%) non-EI had received at least 2 COVID-19 vaccine doses prior to Omicron. Of 624 EI, 175 (28%) had one SARS-CoV-2 re-infection and 8 (1.3%) had two, compared to 84 (48%) non-EI participants with one, 5 (2.9%) with two and 1 (0.6%) with 3 infections (P < 0.0001). In multivariable analysis of risk factors for Omicron infection, the overall hazard ratio (HR, 95%CI) associated with EI was 0.56 (0.43-0.74); HRs for BA.1/2, BA.4/5 and mixed BA.5/BQ.1/XBB periods were 0.66 (0.45-0.97), 0.44 (0.28-0.68) and 0.71 (0.32-1.56). EI and BA.1/2 infection combined reduced later Omicron infection (HR 0.07 (0.03-0.21) compared to no prior infection. Older age, non-White ethnicity, no children in household, and lower neighbourhood income were associated with reduced risk of infection. CONCLUSIONS: In our highly vaccinated population, early SARS-CoV-2 infection was associated with a 44% reduction in symptomatic COVID-19 during the first 14 months of Omicron, providing significant protection against re-infection for more than 2 years.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».