A170 DISTRIBUTION OF PHARMACOGENETIC VARIANTS IN PEOPLE SUFFERING FROM ULCERATIVE COLITIS TREATED WITH TARGETED MOLECULAR THERAPIES IN QUEBEC
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory bowel disease characterized by continuous colonic inflammation. In Canada, ~160,000 people suffer from its symptoms, such as diarrhea, blood in the stool and abdominal pain, which can highly impact their quality of life. For moderate to severe forms of the disease, molecular targeted therapies (MTT) are used to control symptoms and achieve remission. There is a large variability in treatment response to MTT. Indeed, ~20-50% MTT users don’t improve following drug initiation and 50-90% suffer from adverse events. Multiple factors, such as age, sex, tobacco use and pharmacogenetic (PGx) variants, may influence response. However, genetic variants may also impact UC development which may become a confounding factor in treatment response studies. Aims Therefore, the aim of this study is to validate PGx variants associated with nonresponse by comparing their distribution in UC patients with a populational cohort. Methods A cohort of 101 people using MTT in UC in Saguenay–Lac-St-Jean was recruited and compared to the populational cohort of CARTaGENE (representing Quebec population, n = 1879). The patients were genotyped for eight PGx variants, distributed across four genes (TNF, TNFAIP3, TNFRSF1A et TNFRSF1B), which were selected as candidates for their previous association with MTT response phenotypes. Results The variant TNFRSF1B-rs1061622, previously associated with nonresponse to infliximab (a type of MTT) in a previous study by our team, was comparable between the recruited and populational cohorts. The alternative allele of variant TNFRSF1B-rs3397 was more frequent in the recruited cohort compared to the populational cohort (80,0 vs 67,0 %, p = 0.0001). No other tested variants were differently distributed. Conclusions Next steps are to compare these PGx variants with a populational cohort of healthy individuals (exclude individuals suffering from UC in CARTaGENE cohort) to eliminate as many confounding factors as possible. The variant TNFRSF1B-rs1061622 would then be validated and become a great lead to better comprehend treatment response to infliximab in UC. The variant TNFRSF1B-rs3397 needs to be studied more to clarify its potential link to UC development. Funding Agencies CCCFRQS, IRSC, Fondation de ma vie
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».