Pollen DNA Isolation Methods: Literature Review and Benefit of Adding Chloroform:Isoamyl Alcohol to Commercial DNA Kits
Notice bibliographique
Résumé
Successful isolation of pollen DNA is required for multiple disciplines. However, pollen DNA yields are typically low, perhaps because of physical-chemical challenges associated with lysing and exine removal. Here, an initial systematic literature review showed that efforts to improve pollen DNA isolation have focused primarily on optimizing lysis bead type and duration, and identifying effective commercial kits and/or in-house methods. Studies have not apparently focused on preventing clogging of kit-based DNA purification columns caused by post-lysis pollen debris including the exine. Here, chloroform:isoamyl alcohol 24:1 (C:I) was added as a post-lysis cleaning treatment to a commercial DNA isolation kit-based protocol to test its effect on pollen DNA yield of maize (Zea mays L., corn) as a model. C:I was tested in conjunction with different lysis durations and pollen quantities, along with lysis bead type, to determine optimal combinations. C:I improved final DNA yields ≤31% regardless of lysis duration and pollen quantity, compared to non-C:I controls. The optimal lysis duration depended on pollen quantity and vice versa, although bead type demonstrated a greater impact when coupled with C:I. The resulting DNA was of sufficient quality for microbiome analysis. This optimized protocol may minimize the pollen amount required for robust DNA isolation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».