mtGrasp: Streamlined reference‐grade mitochondrial genome assembly and standardization to enhance metazoan mitogenome resources
Notice bibliographique
Résumé
Abstract High‐quality, accessible mitogenome sequences are crucial for comparative genomics, phylogenetic constructions and environmental DNA (eDNA) applications. With advancements in sequencing technologies, genomic sequencing reads are available for a wide variety of species. Although these data sets contain mitochondrial sequences, this information remains largely untapped due to the limited specialized tools for assembling mitogenomes from short‐read libraries. The present study introduces the Mitochondrial Genome Reference‐grade Assembly and Standardization Pipeline (mtGrasp), a streamlined and memory‐efficient pipeline for assembling complete and standardized mitogenomes from short‐read metazoan DNA libraries ( https://github.com/bcgsc/mtGrasp ). We assembled 23 short‐read libraries and found that mtGrasp ran 2–7 times faster and used 3–4 times less memory, on average, compared to the state‐of‐the‐art mitogenome assembly pipelines GetOrganelle and MitoZ. Additionally, mtGrasp successfully assembled mitogenomes of varying completeness across different animal taxa. We illustrate that standardizing existing mitogenome annotations with mtGrasp would improve the accuracy of downstream phylogenetic analysis and demonstrate the utility of mtGrasp in designing robust targeted quantitative polymerase chain reaction‐based eDNA assays using mitogenomes assembled from museum voucher specimens. We expect the reference‐grade mitogenomes generated with freely available mtGrasp to advance the development of robust, high‐quality eDNA tools and aid in a variety of comparative genomic analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,015 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».