Duplex sequencing identifies unique characteristics of ENU-induced mutations in male mouse germ cells
Notice bibliographique
Résumé
Germ cell mutagenicity testing is increasingly required for chemical risk assessment. Duplex sequencing is rapidly gaining acceptance as a method to assess in vivo mutagenesis, and as a valid alternative to transgenic rodent mutation models such as the MutaMouse. We used a duplex sequencing panel of 20 genomic targets and the transgenic rodent assay to measure mutations in the germ cells of MutaMouse males exposed to 0, 1, 2, or 5 mg/kg N-ethyl-N-nitrosourea for 28 days. Germ cells from the seminiferous tubules were collected 28 days post-exposure. The transgenic rodent assay showed a significant increase in mutant frequencies at the high (P < 0.001) and medium (P = 0.01) N-ethyl-N-nitrosourea doses relative to controls, while duplex sequencing revealed a significant increase (P < 0.001) in N-ethyl-N-nitrosourea-induced mutations only at the high dose. Duplex sequencing mutation frequencies were lower in genic than in intergenic targets, suggesting a protective role for transcription-coupled repair. Interestingly, we observed several unique germ cell characteristics with respect to duplex sequencing data from rodent somatic tissues: 1) larger inter-animal variability in clonally expanded mutations that affects the ability to detect significant increases in mutation frequency; 2) a target on chromosome 2 showing much higher susceptibility to spontaneous and chemical-induced mutagenesis than other targets; and 3) a mutation spectrum consistent with that observed in the offspring of N-ethyl-N-nitrosourea-treated males but not with the spectrum in bone marrow of directly-exposed males. These results suggest that duplex sequencing is a promising approach for characterizing germ cell mutagenesis and that mutagenic mechanisms operating in germ cells differ from those in somatic tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».