Prepartum vaginal microbiota and postpartum uterine microbiota in cows
Notice bibliographique
Résumé
Postpartum uterus clears bacteria within 6 weeks; however, up to 40% of dairy cows cannot eliminate uterine infection. Culture-independent approaches based on the analysis of the 16S rRNA gene indentified reduced richness and diversity in the reproductive tract of cows with endometritis. Goal was to characterize the vaginal microbiota before calving and the uterine microbiota after calving in cows that had or not developed endometritis. We compared the results of DNA sequencing with conventional culture methods in uterine samples collected 21 days after calving. Vaginal samples (via cytobrush) from multiparous cows (n = 61) were obtained 1 week before calving (-1w) and uterine samples 1 week (+1w), 3 weeks (+3w), and 5 weeks (+5w) after calving. Samples of healthy cows (n = 11) and cows with endometritis (n = 11) were selected for DNA extraction and 16S rRNA sequencing. Richness and diversity measures in the uterine microbiota were not different between healthy and diseased groups (Chao p = 0.17, Simpson p = 0.29) at -1w, +1w and +5w. Uterine microbiota composition differed (p = 0.03) between groups only at 3 weeks after calving. Diseased cows had a lower relative abundance of Firmicutes and Bacteroidetes and a higher abundance of Actinobacteria than healthy cows. Bacteria that grew in culture were often represented within the most abundant bacterial genera in the DNA sequencing 3 weeks after calving.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».