Temperature predictability and introduction history affect the expression of genes regulating DNA methylation in a globally distributed songbird
Notice bibliographique
Résumé
Phenotypic plasticity is a major mechanism whereby organisms adjust their traits to changes in environmental conditions. In the context of range expansions, plasticity is especially important, as plastic changes in traits can lead to rapid adaptation. For these reasons, there has been growing interest in the role of molecular epigenetic processes in range expansions. One epigenetic process in particular, DNA methylation, enables organisms to adjust gene expression contingent on the environment, which suggests it may play a role in some invasions. Nevertheless, we know little about how methylation is regulated in wildlife, especially expression of the enzymes responsible for altering methyl marks on the genome. The most important forms of these enzymes in vertebrates are DNA methyltransferase 1, which largely maintains existing methyl marks, DNA methyltransferase 3, which creates most de novo methyl marks, and TET2, which is a major demethylator of CpG motifs, genomic regions where most methyl marks occur. In this study, we compared expression of these genes in three tissues (i.e., gut, liver, and spleen) of house sparrows (Passer domesticus) from 9 locations. Some sparrow populations derived from the native range (i.e., Israel, Netherlands, Norway, Spain, and Vietnam) whereas others were introduced <150 years ago (i.e., Australia, Canada, New Zealand, Senegal). Our hypothesis was that non-native birds and/or birds from sites with comparatively unpredictable climates would express more of all three genes. We found, however, that DNMT expression differences, while extensive, were reversed of predictions: all three genes were expressed more in sparrows from the native range and from areas with more predictable temperatures. Surprisingly, gene expression was also strongly correlated among populations and within-individuals. Our results reveal no simple role for these enzymes in range expansions, but the appreciable among and within-population variation in these enzymes warrants more detailed investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».