Low Genetic Diversity and Complex Population Structure in Black Piranha ( <scp> <i>Serrasalmus rhombeus</i> </scp> ), a Key Amazonian Predator
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The black piranha ( Serrasalmus rhombeus ), a widely spread species in the rivers of the Amazon basin, plays a vital role as both key predator and important prey. Despite its essential contribution to ecosystem stability, there is a lack of information regarding its genetic diversity and population dynamics in the central Amazon region. As the Amazon continues to undergo environmental changes in the context of growing anthropogenic threats, such knowledge is fundamental for assist in the conservation of this species. This study is the first to analyze the genetic diversity and population structure of S. rhombeus in the central Amazon region using high‐resolution genomic data. We employed a Genotyping‐by‐Sequencing approach with 248 samples across 14 study sites from various tributaries, encompassing diverse water types (black, white, and clear water) and characterized by 34 physiochemical parameters. The data reveals low diversity accompanied by pronounced signs of inbreeding in half of the sites and robust genetic differentiation and variation among sites and within‐sites. Surprisingly, we also found evidence of higher dispersal capacity than previously recognized. Our analysis exposed a complex and high population structure with genetic groups exclusive to some sites. Gene flow was low and some groups presented ambiguous genealogical divergence index ( gdi ) signals, suggesting the occurrence of potential cryptic species. Moreover, our results suggest that the population structure of black piranha appears more influenced by historical events than contemporary factors. These results underscore the need to give greater attention to this keystone species, for which no regulatory framework or conservation strategies is presently in effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».