Unveiling spatial heterogeneity in medulloblastoma: A multi-omics analysis of cellular state and geographical organization
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Despite numerous studies on medulloblastoma (MB) cell heterogeneity, the spatial characteristics of cellular states remain unclear. METHODS: We analyze single-nucleus and spatial transcriptomes and chromatin accessibility from human MB spanning four subgroups, to identify malignant cell populations and describe the spatial evolutionary trajectories. The spatial copy number variations (CNVs) patterns and niches were analyzed to investigate the cellular interactions. RESULTS: Three main malignant cell populations were identified, including progenitor-like, cycling, and differentiated populations. Gene signatures of cell populations strongly correlate to clinical outcomes. These tumor cell populations are geographically organized as stem-like and mature regions, highlighting their spatially heterogeneous nature. Progenitor-like and cycling cells are mainly concentrated in stem-like regions, whereas various differentiated populations are primarily distributed in mature regions. By analyzing chromosomal alterations, we find that stem-like regions typically harbor a single pattern of CNVs, reflecting high originality and uniformity, which is in stark contrast to mature regions exhibiting multiple patterns with a broader range of biological functions. Projecting cellular state programs onto spatial sections fully illustrates the evolution from stem-like regions to various functional zones in mature regions, which is correlated to microenvironmental components along the paths to maintain stemness or promote differentiation. CONCLUSIONS: This multi-omics database comprehensively facilitates the understanding of MB spatial evolutionary organization.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».