Epitope and Paratope Mapping of a SUMO-Remnant Antibody Using Cross-Linking Mass Spectrometry and Molecular Docking
Notice bibliographique
Résumé
The small ubiquitin-like modifier (SUMO) is an important post-translational modification that regulates the function of various proteins essential for DNA damage repair, genome integrity, and cell homeostasis. To identify protein SUMOylation effectively, an enrichment step is necessary, often requiring exogenous gene expression in cells and immunoaffinity purification of SUMO-remnant peptides following tryptic digestion. Previously, an antibody was developed to enrich tryptic peptides containing the remnant NQTGG on the receptor lysine, although the specifics of the structural interaction motif remained unclear. This study integrates de novo sequencing, intact mass spectrometry, cross-linking mass spectrometry, and molecular docking to elucidate the structural interaction motifs of a SUMO-remnant antibody. Additional cross-linking experiments were performed using SUMOylated peptides and high-field asymmetric waveform ion mobility spectrometry (FAIMS) to enhance the sensitivity and confirm interactions at the paratope interface. This study establishes a robust framework for characterizing antibody–antigen interactions, offering valuable insights into the structural basis of SUMO-remnant peptide recognition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».