Role of liquid biopsy in the detection of homologous recombination repair gene mutations (HRRm) in metastatic prostate cancer (mPC).
Notice bibliographique
Résumé
51 Background: The treatment landscape of mPC is rapidly evolving to include more precision therapies for patients with actionable genomic alterations. Specifically, deleterious aberrations in HRR genes (HRRm) confer sensitivity to PARP inhibitors (PARPi) which have demonstrated survival benefit in this context. Therefore, accurate identification of potentially actionable HRRm is indicated. Somatic testing for HRRm in archival tissue is inadequate due to poor DNA quality or lack of tissue availability in 30-40% of cases. We evaluated whether circulating tumor DNA (ctDNA) testing using liquid biopsies is associated with an increased rate of HRRm detection. Methods: This was a multi-institutional retrospective cohort study of mPC patients (pts) treated at the Jewish General Hospital or the McGill University Health Center, Montreal Canada, between 2021-23. Molecular data and treatment information was abstracted from chart review. Fisher’s exact test and Wilcoxon test were used to assess differences between groups. Results: We identified 282 mPC pts, mostly castration resistant (n=181, 64.2%). Median age was 67 years (43-92). Somatic and germline testing for HRRm was performed in 78.3% (n=224) and 23.4% (n=66) pts, respectively. Somatic testing was performed on tissue (n=164, 73.2%) or ctDNA from liquid biopsies (n=17, 7.5%) or both (n=43, 19.3%). Pathogenic somatic HRRm were detected in 37 pts (13.2%): BRCA2 (n=13), ATM (n=8), CHEK2 (n=4), PALB2 (n=4), CDK12 (n=4) and BRCA1 (n=2). Amongst pts with germline testing 10/66 (15.1%) had pathogenic HRRm, mostly BRCA2 (n=9) and 4/10 had detectable HRRm in tissue. The somatic HRRm detection rate was 14.6% (24/164) on tissue and 11.7% (2/17) in ctDNA, respectively. Pts who had both tissue and liquid biopsy experienced a higher detection rate (25.5%, 11/43) vs. either modality alone (P=0.064). Inconclusive results were less frequent in pts who had both liquid and tissue testing vs. tissue alone (2.3% vs 7.3%). Amongst the 10 pts who had discordant results between liquid and tissue tests, HRRm were more frequently identified in ctDNA (n=7) vs. tissue (n=3). Pts who had HRRm detected only in ctDNA, had significantly older tissue samples (median 5.1 years) compared to those who had HRRm detected only in tissue (median 0.2 years, P=0.0156). Conclusions: Our data highlight a potential role of implementing liquid biopsy to improve the detection rate of HRRm. We are currently conducting a multi-center prospective study to determine if liquid biopsy increases the rate of detection of HRRm compared to routine tissue testing, and therefore allows to identify more patients who are eligible to receive precision therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».