The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: improving the standards for reporting lectin microarray data
Notice bibliographique
Résumé
The MIRAGE (Minimum Information Required for a Glycomics Experiment) project has been established by experts in glycobiology, glycoanalytics, and glycoinformatics under the auspieces of the Beilstein-Institut. The working group aims to develop guidelines for reporting results from various experiments and analyses conducted in structural and functional studies of glycans in the scientific literature. Previous guidelines have been established for glycomic analytics, including mass spectrometry and glycan microarrays. Lectin microarrays are used worldwide for glycan profiling of various biological samples, but there are often insufficient reports on information about experimental methods such as sample preparation and fluorescence labeling. Here, we propose guidelines specifically designed to improve the standards for reporting data from lectin microarray analyses. For each of the seven areas in the workflow of a lectin microarray experiment, we provide recommendations for the minimum information that should be included when reporting results. When adopted by the scientific community the MIRAGE lectin microarray guidelines are expected to enhance data interpretation, facilitate comparison of data between laboratories and encourage the deposition of lectin microarray data in international databases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,380 | 0,383 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,005 | 0,005 |
| Bibliométrie | 0,018 | 0,012 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,007 |
| Communication savante | 0,017 | 0,015 |
| Science ouverte | 0,015 | 0,015 |
| Intégrité de la recherche | 0,013 | 0,016 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,015 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».