GTPBP2 in-frame deletion in canine model with non-syndromic progressive retinal atrophy
Notice bibliographique
Résumé
Progressive retinal atrophy (PRA), caused by aberrant functioning of rod/cone photoreceptors, leads to blindness affecting mammals, including dogs. We identified a litter of three Labrador retrievers affected by non-syndromic PRA; the parents and three other siblings were unaffected. Homozygosity mapping and whole-genome sequencing detected a homozygous 3-bp deletion in the coding region of GTPBP2, located in CFA12 (NC_049233.1:12,264,348_12,264,350del, c.1606_1608del, p.Ala536del). The variant was absent from the online European Variation Archive (EVA) database, the Dog Biomedical Variants Database Consortium, and the Dog10k database. We tested 91 non-affected dogs from the same kennel and found 75 wild-type (WT) and 16 carriers, all clinically normal, and 569 Labradors from the general population (USA), all WT. GTPBP2 is associated with Jaberi-Elahi syndrome (JES) in Homo sapiens, and splice variants in Mus musculus are associated with neurodegeneration; in both cases photoreceptor degeneration may be included in its manifestation. Heterologous cellular systems were transfected with cDNA encoding WT or A536del mutant GTPBP2 protein and immunoblot analysis of total cell lysate with anti-GTPBP2 antibodies showed that the expression level of the GTPBP2 mutant protein A536del is slightly but not significantly reduced compared to WT. Immunofluorescent methods and confocal analysis of cells transfected with WT or A536del GTPBP2 protein revealed that the WT form is diffuse throughout the cytosol, while the mutant form resulted in the formation of cytoplasmic aggregates in ~70-80% of cells. The deleted amino acid falls within a conserved interval outside the GTP domain of GTPBP2, suggesting a potentially novel role of the sequence on cellular localization of the protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».