eLife Assessment: Insufficiency of 40S ribosomal proteins, RPS26 and RPS25, negatively affects biosynthesis of polyglycine-containing proteins in fragile-X associated conditions
Notice bibliographique
Résumé
Expansion of CGG repeats (CGGexp) in the 5’ untranslated region (5’UTR) of the FMR1 gene underlies the fragile X premutation-associated conditions including tremor/ataxia syndrome, a late-onset neurodegenerative disease and fragile X-associated primary ovarian insufficiency. One common pathomechanism of these conditions is the repeat-associated non-AUG-initiated (RAN) translation of CGG repeats of mutant FMR1 mRNA, resulting in production of FMRpolyG, a toxic protein containing long polyglycine tract. To identify novel modifiers of RAN translation we used an RNA-tagging system and mass spectrometry-based screening. It revealed proteins enriched on CGGexp-containing FMR1 RNA in cellulo, including a ribosomal protein RPS26, a component of the 40S subunit. We demonstrated that depletion of RPS26 and its chaperone TSR2, modulates FMRpolyG production and its toxicity. We also found that the RPS26 insufficiency impacted translation of limited number of proteins, and 5’UTRs of mRNAs encoding these proteins were short and guanosine and cytosine-rich. Moreover, the silencing of another component of the 40S subunit, the ribosomal protein RPS25, also induced repression of FMRpolyG biosynthesis. Results of this study suggest that the two 40S ribosomal proteins and chaperone TSR2 play an important role in noncanonical CGGexp-related RAN translation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».