Cross-laboratory replication of pseudomyxoma peritonei tumor microbiome reveals reproducible microbial signatures
Notice bibliographique
Résumé
Recent work has demonstrated that cancer-specific microbial communities often colonize tumor tissues. However, untangling low-biomass signals from environmental contamination makes this research technically challenging. We utilize pseudomyxoma peritonei (PMP), a cancer characterized by the spread of mucus-secreting cells throughout the peritoneal cavity, to develop a robust workflow for identifying reproducible tumor microbiomes. Typically originating from the rupture of an appendiceal tumor into the peritoneal cavity, metastasized tumors have been previously shown to harbor a core set of microbes. However, that work did not control for the potential contamination of these low microbial biomass samples. We expand upon these prior findings by characterizing the microbiome of 70 additional PMP tumors and six normal peritoneal control tissues along with appropriate laboratory controls. Additionally, DNA from a subset of 25 tissues was extracted and sequenced at an independent laboratory. We found evidence of reproducible microbial signatures between the replicates of six different PMP tumors that include a set of core taxa that may be introduced from surgical contamination, as well as patient-specific taxa that are also commonly implicated in colorectal cancer. In addition, preoperative chemotherapy treatment was found to reduce tumor microbiome diversity. Our findings demonstrate how independent sample replication can be a powerful approach to investigate low-biomass microbial communities associated with tumor tissues that will improve low microbial biomass research.IMPORTANCERecent work has demonstrated that microbial communities colonize over 30 different types of tumor tissues. The origin of these communities and their possible involvement in carcinogenesis or cancer treatment outcomes remains an unclear, yet important area of research. A current major challenge in characterizing low-biomass, tumor-associated microbiomes is the introduction of environmental contamination during collection, handling, DNA extraction, PCR, and sequencing. Here, we provide a framework for replicating low-biomass tumor microbiome samples to help identify tumors with robust microbial signals and low background contamination. Using this replication approach, we show that pseudomyxoma peritonei (PMP) tumors host reproducible microbial communities, including organisms that have previously been associated with colorectal cancer. Incorporating sample replication into future tumor microbiome studies is a promising approach that will help identify robust signals and increase reproducibility in the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».